Hubert Markl studierte Biologie, Chemie und Geographie an der Universität München und promovierte dort 1962 im Fach Zoologie. Nach einer Zeit als wissenschaftlicher Assistent an den zoologischen Instituten der Universitäten München und Frankfurt am Main folgte 1965 ein Forschungsaufenthalt an der Harvard University in Cambridge (Massachusetts) und der Rockefeller University in New York sowie der Tropical Research Station der New York Zoological Society. Er habilitierte sich 1967 für das Fach Zoologie an der Universität Frankfurt am Main und war dann dort Dozent, wurde 1968 ordentlicher Professor und Direktor des Zoologischen Instituts der TH Darmstadt und ist seit 1974 Professor der Fakultät Biologie an der Universität Konstanz. Von 1986 bis 1991 war er Präsident der Deutschen Forschungsgemeinschaft und außerdem Vizepräsident der Alexander-von-Humboldt-Stiftung sowie von 1993 bis 1995 Präsident der Berlin-Brandenburgischen Akademie der Wissenschaften. Seit 1996 ist Markl Präsident der Max-Planck-Gesellschaft.